تعمل جمعية الآثار وفق حوكمةٍ تحمل العديد من الضوابط والأنظمة التي تنظِّمُ أعمالها، والتي تسعى من خلالها إلى نموذج فعَّال يعتمد على التشريعات الرسمية القوانين والأنظمة وتتميَّز عن طريقه باعتبارها نمطاً صحياً وجيداً تحقق به كفاءة الأداء المنشودة، وتستطيع به اتخاذ القرارات بالتزامٍ عالٍ وقدرٍ كبيرٍ من المسؤولية والشفافية والجودة.